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学科主题: 呼吸内科学
题名:
慢性阻塞性肺疾病患者支气管肺泡灌洗液细菌宏基因组DNA的制备
其他题名: Preparation of metagenomic DNA from bronchoalveolar lavage fluids of patients with chronic obstructive pulmonary diseases
作者: 王娟; 沈宁; 杜毅鹏; Erb-downward, John R; Huffnagle, Gary B; Gyetko, Margaret R; 贺蓓
关键词: 慢性阻塞性肺疾病 ; 支气管肺泡灌洗液 ; 宏基因组DNA ; chronic obstructive pulmonary diseases ; bronchoalveolar lavage fluids ; metagenomic DNA
刊名: 微生物学报
发表日期: 2014
DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.08.013
卷: 54, 期:8, 页:943-949
收录类别: 中国科技核心期刊 ; 中文核心期刊 ; CSCD
文章类型: Journal Article
摘要: [目的]优化稳定期慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary diseases,COPD)患者支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluids,BALF)细菌宏基因组DNA的提取方法,以便于高效提取微量的细菌DNA进行后续的PCR反应和测序.[方法]取稳定期COPD患者的BALF5mL,离心收集细胞.为了有效提取样品中革兰氏阳性菌的基因组,对QIAGEN的DNA提取试剂盒的操作步骤进行优化:加入裂解缓冲液ATL后首先运用研磨珠和多功能生物样品匀质器破碎菌壁,再加入蛋白酶K孵育,然后加入裂解缓冲液AL振荡混匀.无水乙醇沉淀DNA后,将全部溶液过柱,用洗液AW1和AW2各洗柱一次,最后加50μL洗脱液洗脱DNA.提取的DNA定量后,运用PCR方法检测样本中的细菌16S rDNA量,并按照测序要求构建DNA文库进一步验证.[结果]试剂盒优化法提取的BALF的DNA总量为467.5(135.0-1697.5)ng,明显高于按照传统酚-氯仿法提取的DNA总量95.0(0-612.5) ng,并且所提取的DNA可以很好的扩增细菌的16S rDNA以及构建DNA文库,改良后的扩增产物明显增多(P =0.002).[结论]使用DNA提取试剂盒结合研磨珠和多功能生物样品匀质器破菌壁的方法能够更高效的提取BALF中微量的宏基因组DNA,为进一步的测序和菌群分析打下基础.
语种: 中文
原文出处: 查看原文
Citation statistics:
内容类型: 期刊论文
URI标识: http://ir.bjmu.edu.cn/handle/400002259/71266
Appears in Collections:北京大学第三临床医学院_呼吸内科_期刊论文

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作者单位: 1.北京大学第三医院呼吸科,北京100191
2.北京大学医学部-密歇根大学医学院转化医学与临床研究联合研究所,北京 100191
3.密西根大学医学院内科呼吸与危重症医学科,美国
4.北京大学医学部-密歇根大学医学院转化医学与临床研究联合研究所,北京 100191

Recommended Citation:
王娟,沈宁,杜毅鹏,等. 慢性阻塞性肺疾病患者支气管肺泡灌洗液细菌宏基因组DNA的制备[J]. 微生物学报,2014,54(8):943-949.
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